L'école de Saignelégier a été créée en 1878 et est localisée depuis 1965 au ch. des Primevères 15 à Saignelégier.
La construction du bâtiment actuel a débuté le 16 avril 1963 et a été supervisée par l'architecte Claude Leunziger. Il a été officiellement inauguré le 11 septembre 1965.
Actuellement l'école accueille une centaine d’élèves et une vingtaine d’enseignant·e·s. Les élèves proviennent principalement des villages formant la commune de Saignelégier, soit Goumois, Les Pommerats, Les Cerlatez et Saignelégier. L'école accueille une structure Sport-Art-Etudes volley-ball, notamment qui permet aux élèves concernés de concilier leurs talents pour le sport et l’art et les études.
Les élèves se répartissent en 3 modules - 9S, 10S et 11S - de 2 classes chacun et une structure de soutien pour les élèves en difficulté scolaire provenant de toutes les Franches-Montagnes.
L'école secondaire de Saignelégier est également une école pilote dans la mise en place d'une structure OOP (option 4 orientée projet) pour les élèves d'option 4 de 11S.
La direction de l'école est assumée par Laurent Nicolet depuis 2007, et depuis 2014, Luc Aubry l’assiste dans sa tâche. Depuis 2014, Laurent Nicolet, assure également la tâche de direction de l'école primaire de Saignelégier. Cette dernière regroupe environ 200 élèves de la 1P à la 8P, sur deux sites, et une vingtaine d'enseignant·e·s.
Le bâtiment secondaire est composé de 10 salles de classes, d’une salle de dessin, d’une salle de gymnastique, d’une salle de musique, d’une salle de travaux manuels, d’une salle d'activités sur textiles, d’une salle d'économie familiale, d’une salle de sciences, d’une salle d’informatique équipée de 26 postes et d’une salle de médiation. Toutes les salles de classe sont équipées d'un tableau, d’un projecteur, d'une tablette graphique et d’un visualiseur. Par ailleurs 20 portables sont à disposition des élèves pour des enseignements faisant appel à des interfaces numériques.
L'école fait partie du réseau suisse des écoles en santé depuis le 4 février 2008 et à ce titre organise régulièrement des activités en lien avec le bien-être à l'école.
Sur le plan des autorités politiques, Mme Sophie Lüthi, conseillère communale et vice-maire de la commune de Saignelégier, est responsable du dicastères des écoles. L’organisation de l’école est supervisée par la commission des écoles secondaires des Franches-Montagnes et le syndicat des écoles secondaires des Franches-Montagnes, auxquels les écoles secondaires des Breuleux et du Noirmont sont également affiliées.